Terminalen hämtar sitt formspråk från den traditionella hamnarkitekturen med stora konstruktioner, vattnets böljande rörelser och verksamhetens flöden. Huvudidén är att koppla ihop hamnen och staden så att människor kan röra sig ut i hamnområdet. Genom att lyfta upp byggnaden till samma nivå som den omgivande staden skapas en tydlig koppling för gående, skiljt från trafik. Samtidigt utformas byggnadens takytor som ett publikt landskap med trappor, ramper och vindskyddade nischer. På taklandskapet kan passagerare och stockholmare promenera ut och ta del av färjorna, vattnet och den nya stadssiluetten.

Solenergi och bergvärme/-kyla tillvaratas genom integrerade system i byggnaden som gör det möjligt för terminalen att bli självförsörjande. Värtaterminalen ska miljöcertifieras enligt Miljöbyggnad Guld.