Seit vielen Jahren ist C.F. Møller Architects bereits als Berater für den Hafen von Aarhus tätig – Aarhus ist Dänemarks größter Containerhafen, in dem jährlich ca. 1.000 Schiffe und 600.000 Container abgefertigt werden.
Der Masterplan aus den Jahren 1995-1996 sieht eine Erweiterung des Hafens um ungefähr 150 Hektar vor, einschließlich erweiterter Container-, Roll-On/Roll-Off- und Schüttgut-Abfertigung, wobei das übergeordnete Ziel darin besteht, den Hafen und die Stadt besser miteinander zu verbinden. Obwohl ein großer moderner Hafen aufgrund funktioneller, sicherheitstechnischer und insbesondere umweltrelevanter Gründe eine klare Abgrenzung von der Stadt erfordert, enthält der Masterplan auch neue Möglichkeiten der Freizeitgestaltung für die Bürger von Aarhus. Über die Erstellung des Masterplans hinaus war C.F. Møller durchgehend für eine Reihe von Funktionsbauten verantwortlich - von Lagerhallen und technischen Einrichtungen bis zu Sozial- und Verwaltungsgebäuden.