I løpet av de siste knapt 20 årene har C.F. Møller medvirket ved alt av nybygg, ombygginger og oppussing på museet – senest med to prosjekter som trekker Vadehavets natur helt inn til skue for museets besøkende. Det ene i form av Vadehavspaviljongen (2014) – et stort anlegg for flora og fauna fra Vadehavet med bassenger der man kan se typiske vadehavsfugler som ærfugl, gravand, pipand og avosett. Det andre i form av museets selarium (2013), der besøkende kan se vadehavsselene i to bassenger laget til selenes spesifikke atferd gjennom store undervannsruter.

Tidligere prosjekter omfatter nyinnredning av museets saltvannsakvarier (2002). Innredningen her utgjøres av en slags rampe fra inngangen til hovedrommet, hvor man i takt med nedstigningen passerer akvarier for skiftende havdybder. I 1998 ble det blant annet oppført en ny administrasjon og et bibliotek mens enda en utvidelse av museet i form av et nytt auditorium nå ligger på tegnebrettet.

Alle utvidelser følger generalplanen fra en arkitektkonkurranse som kontoret vant i 1996.