Skolen er planlagt rundt to store, indre rom med henholdsvis fellesområder med kantine, festsal og kunnskapssenter over tre etasjer og en større idretts- og multifunksjonshall med tre baner. Et stort skrånende kobbertak samler de to rommene, og murverket består av gul tegl. Skolens fysiske beliggenhet og utforming tar utgangspunkt i tomtens kontakt med Slesvig by og Slien fjord samt et ønske om en tidløs arkitektur.

A.P. Møller-skolen er en dansk ungdomsskole og videregående skole til bruk for Dansk Skoleforening for Sydslesvig.