Efter ett tilltagande förfall krävdes dock en genomgripande restaurering om anläggningen skulle behålla sina kvaliteter. C.F. Møller har utfört arbetet, och Batteri Sixtus har nu återfått sina rena former, med skarpa linjer och skulpturala vallanläggningar. Projektet har genomförts inom ramen för en arkitektonisk helhetslösning för byggnader och landskap, så att hela anläggningen, med sina vallar, stenbastioner och rader av lindar återfått sin arkitektoniska värdighet i den omgivande hamnmiljön. Anläggningen har dessutom gjorts tillgänglig för alla, med handikappliftar diskret infogade i de gamla kasematterna. Restaureringen har utförts med respekt för anläggningens autenticitet och egenart samt de kulturhistoriska och arkitektoniska värdena, och alla beslut har fattats efter noggrann genomgång av de historiska källorna i form av foton, beskrivningar och ritningar.