Helhetsplanen som C.F. Møller utviklet mellom 1995 og 1996 utgjør rammen for den planlagte utbyggingen av havnen med 1.500 dekar. Den overordnede tanken er å skape større sammenheng mellom byen og havnen. Til tross for at en stor, moderne havn krever en tydelig avstand fra byen på grunn av funksjon, sikkerhet og ikke minst miljøkrav, gir planen allikevel innbyggerne en naturlig kobling til sjøen.

I forbindelse med helhetsplanen har C.F. Møller tegnet flere ulike nye bygninger i havnen, inkludert Pakkhus 302 og 304 (1992-2001), Aarhus havneterminal (2000-2001), Aarhus havnekontor (2000-2001) og senest et nytt Havnesenter (2013-2014). C.F. Møller har også utarbeidet et miljøprogram (VVM) i samarbeid med Aarhus fylke, Aarhus kommune, Aarhus havn og Rambøll. Kontoret samordnet undersøkelser og studier innen følgende områder, med fokus på utførelsesfasen:

- Detaljplanbestemmelser

- Fysisk og visuell kobling til byen

- Fysisk og visuell kobling til kysten og havet

- Utforming av den indre havnen

- Utforming av brygger, havner og kaier

- Analyser av samspillet med byen

- Beskyttelse av jord og bygninger

- Kartleggingav områdene for rekreasjon, bevaringsverdi og naturmangfold