Masterplanen fra 1995-1996 danner rammen for en udvidelse af havnen med ca. 150 hektar til bl.a. øget container-, roll-on/roll-off- og bulkaktivitet, hvor det overordnede sigte har været at skabe større samhørighed mellem havn og by. På trods af at en stor moderne havn fordrer en klar funktionel, sikkerhedsmæssig og ikke mindst miljømæssig adskillelse fra byen, giver masterplanen også byens borgere nye muligheder for rekreative aktiviteter. Udover arbejdet med masterplanen har C.F. Møller løbende stået for en lang række af havnens funktionsbygninger, fra pakhuse og tekniske anlæg til velfærds- og administrationsbygninger.