Montessori School Balis arkitektur er inspirert av Montessori-prinsippene, en internasjonalt utbredt pedagogikk som blant annet legger vekt på å blande alle elever på kryss av alder og på stor frihet for den enkelte elev til å kunne bevege seg rundt på skolen og fordype seg basert på egen nysgjerrighet og gjennom lek. Samtidig er skolen forankret i balinesisk tradisjon og i naturen som omgir den. Bygningene skal oppføres i lokale materialer som hardt tre og naturstein, og de er inspirert av Balis tradisjonelle paviljonger. Sammen danner skolens mange paviljonger en liten landsby rundt en grønn oase med store, skyggende trær. Ut mot fellesområdet utgjør tildekte verandaer overgangen mellom ute og inne, mellom sol og skygge, samtidig som de skjermer mot det kraftige, tropiske regnet. Langs det skrånende landskapet strekker det seg en sentral hovedgate gjennom den grønne oasen. Den utgjør skolens hovednerve. Derfra beveger elevene seg enkelt fra aktivitet til aktivitet, fra bygning til bygning. I tillegg til klasserom, som alle har utgang til hver sin lekeplass og hver sin hage, inneholder skolen blant annet bibliotek, kunstlaboratorium, sløydlokaler, allbruksrom og en gymsal som ligger under tak av hensyn til både sol og regn, og som også er tenkt som mulig ramme rundt større begivenheter i lokalsamfunnet. De eldste barna har også sin egen mark som de dyrker. Som i de tradisjonelle balinesiske byområdene inneholder det bølgende landskapet bygninger i forskjellige nivåer med trapper og skråninger mellom, som inviterer til pauser og ettertanke. C.F. Møller har designet skolen. Prosjekteringen ble utført av det lokale arkitektfirma Espace Concept Bali i tett dialog med C. F. Møller.