I C.F. Møllers forslag placeres museet som et møbel nede i den store dok. Dette møbel danner en figur, som er både åben og lukket. Figuren snor sig diagonalt ned igennem hele dokrummet med et vekslende rumforløb; smalle og brede, høje og lave, små og store rum.

Museet opnår synlighed og identitet i kraft af en stor bevæget tagflade i dokkens fulde længde. Fladen folder op og ned i et samspil med omgivelserne, brydes som isflager, danner sprækker til ovenlys og afslører delvist, at noget foregår nedenunder i dybet.